理工科论文免费查重工具在查重准确性方面存在一定的局限性。免费查重工具通常是基于已有数据库进行比对，无法覆盖所有可能的来源，因此可能漏检或误判。此外，一些免费查重工具的算法相对简单，容易被人为篡改绕过。为了提高查重准确性，建议学术界和科研机构可以投入更多资源开发先进的查重技术，同时加强对查重结果的人工审查。

在选择理工科论文免费查重工具时，除了考虑免费与付费之外，更应该关注其查重准确性。建议在使用免费查重工具时，可以多用几款工具进行对比，避免单一工具的局限性。同时，对于重要的论文，可以考虑使用付费的高级查重工具，提高查重的准确性和可靠性。此外，也要注意保护个人论文的知识产权，避免因查重工具的不准确性而受到不必要的影响。